2000 жылдың күзінде Батыр топтан шығып, жеке жобаны бастау шешімін қабылдады.  Әртістің айтуынша, шешім шығармашылық айырмашылықтарға емес, «тұрмыстық» себептерге байланысты қабылданды.  Музыканттар жақсы қарым-қатынаста қалды.

«Анам уайымдайтын, әрине: “Балам, енді қалай жұмыс істейсің? Жұмыс бола ма?” деп сұрайтын. Әкем байсалды: “Бұл сенің жолың. Өзің шешім қабылда” дейтін. Ол мұның бәрі неліктен болды, кім кінәлі деп ешқашан әуестігін көрсетпейтін? Демек, солай болуы керек. Бұл толығымен саналы таңдау болды. Біздің ортақ мақсатымыз... Өзара түсіністік, достық деген не екендігі туралы ойымыз әртүрлі болды. Мен тек мұндай музыканттар ешқашан болмайтынына өкіндім. Енді ғана, жаңа музыканттарым бар болғанда, мен шынымен өмір сүре бастадым. Олар менен екі есе жас, олар күшті позитивті шығармашылық ағымда және маған әлі ештеңе өлмеді деген үміт береді. Менің ішімде музыкалау - жағымды энергия. “A’Студиоға” дейін Роза Рымбаевамен бес жыл ойнадық. Джаз-рок, әртүрлі басқа музыка ойнадық. Түсірдік, көшірдік, тырыстық. Үлкен өмір өтті - музыкалық та, музыкалық емес те. Және “20-жылдық”, “Топтың 25-жылдығы” концерттерінде қаншама жылдар өтті! - ал біз сахнаға шығамыз, ал ансамбльдің сезімі әлі де жоғалмады. Мен кеткеніме 13 жыл болды, мен Борьканы - оның қалай ойнайтынын әлі де сеземін. Оның қазір қайда баратынын, қалай ойнайтынын, қандай аккорд алатынын білемін. Оған қараймай да айта аламын. Володя - оның басы, бұл негіз. Тек Бага жоқ. Бага жетіспейді (топтың гитаристі Бағлан Сәдуақасов 2006 жылы Мәскеуде көлік апатынан қайтыс болды. - Ред.еск.)».

— Батыр, 2014 ж. сұхбат

Әншінің ұлы Мақсұт дүниеге келді.  2002 жыл тағы бір тұңғышы – қазақ тіліндегі «Отан Ана» дебюттік соло альбомы шыққан жыл болды.  Жеті шығарманың музыкасын композитор Қуат Шілдебаев жазған.  Альбомның басты әні Қазақстанның нағыз патриоттық әнұранына айналды.

«A’Студио»-дан кеткеннен кейін Батыр эмоционалды қиын кезеңге тап болды: күрделі өзгерістер, өзін ақтамаған продюсермен ынтымақтастық... Алматыда ол композитор Қуат Шілдебаевпен әңгімелесіп, Қуат оған былай айтты:  «Сен қазір өзіңді қолға алып, қалпыңа келесін де. Бірге қазақша альбом жасайық.  Барлық энергияны шығармашылыққа жарату керек».  «Қазақфильм» студиясында Батыр Шүкенов, Қуат Шілдебаев, дыбыс режиссері Әлім Байғарин, содан кейін еңбегін жаңа ғана бастаған композитор әрі аранжирлеуші Ренат Гайсин орналасты.  «Отан ана» әнімен бір жыл жұмыс істеді.  Батыр өз ісіне тиянақты, аранжировкадан бастап, жырдағы сөздердің қалай айтылуына дейін барлығын ескеретін. «Отан ана» әнінің вокалисті Қазақстан азаматтығын енді ғана алған опера әншісі Майра Мұхамедқызының орындауында (2018 жылы ол бұл әнді «Евровидение» жұлдызы Кристиан Костовпен бірге Батырды еске алу концертінде орындайды).  Альбомның шырайын келтірген «Отан ана» болды.  Шілдебаев сол кезеңде альбомға тек екі ән жазды.  Қалғандары, оның ішінде «Бесік жыры» мен «Сағым дүние» бұрын жасалған, бірақ Батыр Шүкеновтің арқасында жаңа дыбысқа ие болған.  Дыбысты Мәскеуде түйістірді.  Қуат Шілдебаевты композитор ретінде дәріптейтін әншінің ең патриоттық альбомы осылай шықты. 

«“Колыбельная” әнінің мәтінін қалай әкелгені есімде. Менің ұлым Мақсұт ол кезде жана ғана дүниеге келген. 30 күндік болды. Ол Ригада болды, ал мен Алматыда альбом жазуым керек еді. Бірақ, әрине, мәтінді оқып отырып, мен ол туралы ойладым. Біз тек екі дубль, екі нұсқаны жаздық. Ал Қуат: “Болды, қалдырамыз. Онда бәрі бар – күй де, көңіл де” деді. Ең қызығы, кейінірек альбом шыққан кезде менің көптеген достарым балаларын дәл осы әнге ұйқыға жатқызыпты.  Валера Меладзенің: “Ира екеуміз бұл дискіні бөлісе алмаймыз. Мен тыңдау үшін дискіні көлікке апарамын.  Ал ол маған - балаларды кешке қалай ұйықтатамын?” дейді Бұл таң қалдырады. Өйткені осы күйде, жазу кезінде, ән айтқан кезде бірдеңе болып жатқан сияқты».

— Батыр

2003 жылы Британдық Pop Idol негізіндегі бірінші жалпықазақстандық вокалдық дарындар шоуы іске қосылды.  Батыр скрипкашы Арман Мұрзағалиев, музыка сыншысы Роман Райфельд және редактор Ляйля Сұлтанқызымен бірге Superstar.kz бірінші маусымының қазылар алқасының мүшесі болды.  Қазылар алқасы тыңдау өткізу үшін Қазақстанның 16 қаласын аралауға мәжбүр болды. Бірінші маусымда Superstar.kz таңдауына 5563 адам қатысты.  Қазылар алқасының басқа мүшелері Батырдың сыпайылылығын атап өтті.  Жетістікке жеткен жұлдыз, ол кастинг қатысушыларының қандай вокалдық қабілеттерін көрсетсе де, оларға ешқашан менсінбей қарамаған.  Жобадағы әріптестерінің байқаусызда айтқан дөрекі сөздерінен жиі көңілі бұзылатын.  Батыр Талдықорғанға тыңдауға келген естілімі, дауысы жоқ еңбекқор болса да, одан бірдеңе үйренуге болады деп сенді.

«Сол жылдары ол рухани заттарға көп бет бұра бастады. Батыр әрқайсысымызға тең қарап қоймай, барлығынан бірдеңені үйренді. Әдетте алыс адаммен сіз жан туралы сөйлеспейсіз. Ал онымен бұл мүмкін болды. Мұндай әңгіме өздігінен орын алатын».

2005 жылы Батыр Украина астанасы Киевте өткен Евровидение-2005 ән байқауының ресейлік ұлттық іріктеуінің 1-ші жартылай финалына қатысты.  «Твои шаги» әнімен ол ұлттық іріктеудің финалына өтпей, дауыс беру нәтижесі бойынша 7-орынға ие болды.

Отан туралы триптихтің жалғасы ретінде «Сағым дүние» композициясы енген «Отан ана» альбомының жаңа басылымы шықты. 
2006 жылы «Твои шаги» - Батырдың екінші альбомы шықты.  Альбомға атау берген әннің сөзін ақын әрі композитор Еркеш Шәкеев өткендегі қайғылы оқиғаға арқау ете отырып жазған.

«Эстафета басталды. Кезек Батырханға келді.  Ол соңғы кезеңдердің бірінде жүгірді.  Білесіз бе, бұл шынымен де керемет болды.  Ол мұны өте шығармашылық түрде жасады, өте әдемі жүгірді.  Он мыңдаған адам “Достық” даңғылының бойында тұрып, "Батыр!  Батыр!" деп қолдады.  Олар оны өз махаббаттарына шомылдырды.  Ал Батыр оны сезінді. Ол осы адамдар үшін жүгірді.  Бұл сурет сол кезде дүниеге келген.  Бұл менің өмірімдегі есте қаларлық оқиғалар галереясының сәніне айналды».

Батыр «Осторожно, милая девушка» төртінші соло альбомын шығарды. Альбомның атауын оған Алла Пугачева ұсынған.  Альбомдағы «Немного слёз и моей любви» алғашқы ән альбом шыққанға дейін үш жыл бұрын композитор және аранжирлеуші Олег Толстовпен жазылған. 2010 жылы Батырдың «Всё пройдёт» атты бесінші соло альбомы да жарық көрді. Биыл 7 желтоқсанда Елбасы Нұрсұлтан Назарбаевтың жарлығымен Батырхан Шүкеновке «Қазақстанның еңбек сіңірген әртісі» атағы берілді.

Соло альбомдар мен бізге таныс жеке әндерден басқа, Батыр басқа орындаушылармен бірге ән жазуға жиі қатысатын.  Батырдың ең танымал бірлескен туындыларының бірі Карина Абдуллинамен «Певица и саксофон» әні болды.  Батырхан ағайынды Меладзелермен бірге «Сэра», «Странница осень» және «Рассветная» әндерін жазды, Мұрат Насыровтың «Кто-то простит» әніне қатысты.  Сондай-ақ, Батыр бірге жұмыс істеген орындаушылар арасында Иракли «Так не бывает», Сергей Любавин «Звезда ненаглядная», «Синие глаза» және Сергей Трофимов «Остров по имени Счастье» болды.

«Ол кіріп, ойнайтын бірдеңе іздей бастады.  5 минуттай уақыт кетті, артық емес.  Бір уақытта Костя:  "Болды, стоп.  Рахмет, Батыр.  Барлығы жазылды" дейді.  Ал Батырхан:  “Мен әлі дыбысты да таппадым, бөлігін таппадым!» дейді.  Костя:  "Жоқ, бәрі керемет!  Басқа ештеңе керек емес" деп жауап берді».

2011 жылдың күзінде музыкалық продюсері Батыр болған «Алдар көсе» қазақ телехикаясы жарыққа шықты.Бұл телехикая әділетсіздікпен күресіп, қарапайым халыққа көмектескен мейірімді де тапқыр кедейдің әйгілі оқиғасын баяндайды. Продюсерлеу аясында Қуат Шілдебаевпен бірге  Батыр аттас шығарма жазып, кейін ол «Аманат» альбомына енді.

2013 жылы Батырдың 11 тректен тұратын «Душа» атты соңғы альбомы жарық көрді. Альбомды жазу жұмысына гитарист Бағлан Сәдуақасов, бас гитарист Антон Ревнюк, дыбыс режиссеры Владимир Осинский және композитор Павел Есенин қатысты, олармен бірге «Брат» әні жазылған.

«Біз Батырмен Мәскеудегі Симферополь бульварындағы бір үйде, бір кіреберісте көп жылдар бойы тұрдық. Батыр қалада болғанда, күнде көрісетінбіз, концерттерге, кездесулерге, студияларға, теледидар мен радио эфирлерге бірге баратынбыз. Ертерек қайтсақ, дәстүр бойынша кешке менің үйімде тамақтанып, сүт қосылған қазақ шайын ішетінбіз. Батырдың құшағында кенже ұлым Темір алғаш рет күлді. Сәбидің алғашқы күлкісін көп күттік, қобалжыдық, тек өнерлі Батыр ғана оны алғаш рет күлдіре алды! Батыр менің балаларыммен жиі ойнап, шынайы рахатқа бөленіп түрлі кейіпкерлерге айналатын. Балаларым онымен уақыт өткізгенді ұнататын. Біз он жыл бірге жұмыс істедік. Батыр ешқашан тоқтаған емес, мойымаған. Оның өмірі екі жартыдан тұратын сияқты: Қазақстан және Мәскеуден. Қазақстанда ол халық сүйген жұлдыз болды және ешкімге ештеңе дәлелдеудің қажеті жоқ еді. Ал Мәскеуде «А’Студио»-дан кеткеннен кейін бәрін жаңадан бастауға тура келді. Теледидар мен радиодағы алғашқы эфирлерге, үлкен концерттер мен фестивальдерге шақыруларға қуанғанымыз есімде.
Шығармашылық үрдіс үздіксіз жүріп жатты – Батыр концерттер арасындағы барлық бос уақытын студияда өткізіп, жаңа ақындармен, композиторлармен, аранжирлеушілермен танысып, материал іздеп, ән жазды. Ол әртүрлі музыканың керемет көлемін тыңдады, жанрына қарамастан Мәскеудегі барлық маңызды концерттерге барды: джаз және классикалық концерттерге, Шаде немесе Оззи Осборнның концерттеріне. Ал егер достарымызға қонаққа барсақ, Батыр өзімен бірге саксофон алып, кенеттен қойылымдар ұйымдастыратын - ол әртүрлі музыканттармен ойнауды, импровизацияны, сынап көруді, тәжірибе жасауды ұнататын. Сәуірдің 28-і күні Батыр сәтті қатысқан «Один в один» телехикаясының түсірілімінің соңғы күні алдында Мосфильмде дайындалдық. Бұл тек дайындық болды, бірақ ол тырысты. Мен Батырға түсірілімге дейін өзіңді күтпейсің бе дедім. Сол күні ол Григорий Лепстің бейнесінде оның әнін орындады: «Я счастливый! Я не лгу! Так счастливым и уйду!» Бұл Батырдың соңғы айтқан әні еді. Бірнеше сағаттан кейін ол өмірден кетті..»

«Батыр Live» концертінің алғашқы сандық шығарылымы Қазақстанда 5.1 дыбыстық форматта театрландырылған көрсету үшін шығарылды. Бағдарламаның жазылуы 2013 жылдың мамыр айында Алматыда өтті, онда Батырдың шығармашылық қызметінің 30 жылдығына арналған Қазақстанда екі соло концерті өтті. Концерттің дыбыс режиссеры аты аңызға айналған Грег Уолш болды, концертті біріктіру жұмыстары бірнеше студияда жүргізілді, олардың бірі Лондондағы әйгілі “Angel Studio” студиясы болды.

«Батыр Live — жай ғана концерт емес, бұл біздің бүкіл ұжымның, соның ішінде сахна артындағы жұмысы туралы фильм. Концертке дайындық Нью-Йоркте, Лондонда, Ригада, Мәскеуде және Алматыда өтті, бұл фильмде көрініс тапты».

2013 жылы «Қазақфильмнің» қолдауымен Қазақстанның студент жастары туралы «Препод» атты қазақ комедиясы жарыққа шықты.
Фильмде Батыр музыкалық продюсер, сонымен қатар эпизодтық рөлді сомдады. Фильмде «Орда» тобының солисі Дастан Оразбеков ойнаса, басты әйел рөлін Айсұлу Әзімбаева сомдады. Сюжет бойынша ол бір оқушыға ғашық болып, онымен танысу үшін «өзінің» пәні туралы түсінігі жоқ бола отырып, жаңа мұғалім болып көрінеді.

«Менің актерлік ойыным көп жетілдіруді қажет етеді, бірақ ең бастысы — фильм мейірімді, әдемі болып шықты. Актерлар кәсіби емес, бірақ барлығы жұмысқа 100 пайызға берілді».

Батыр 2015 жылдың 28 сәуірінде жүрек ұстамасынан қайтыс болды. Ол 52 жаста еді. Музыканттың кенеттен қайтыс болуы жанкүйерлерді күйзеліске ұшыратты. Келесі күні Мәскеуде қоштасу рәсімі өтіп жатқанда, Алматыда мыңдаған қазақстандықтар Республика сарайының алдындағы алаңда Батырды еске алуға арналған шам жағып, сүйікті әнші мен композиторды еске алу кешінде бірнеше сағат қатарынан оның әндерін шырқады. Батыр Алматыдағы Кеңсай-2 зиратында жерленіп, музыкантты еске алуға арналған мемориалдық кешен бой көтерді.

«Батырмен тек музыка туралы ғана емес, көп нәрсе туралы әңгімелесу өте қызықты болды. Ол сәулет өнеріне қызығушылық танытып, заманауи ғимараттар туралы кітаптар жинады, саяхаттарынан ауыр томдар мен сирек журналдарды әкелетін. Онымен әңгімеміз өз мамандығына жаны құмар жандардың әңгімесі болды – ол – музыкаға, мен – сәулетқе құмар болдым. Бұл әртүрлі сұрапылдар біршама ұқсас - пішінді, дауысты, ырғақты, теңгерімді іздеуде.  Кездесулерімізде екі пәннің шекарасы бұлыңғыр болды – ізденіп, ортақ тіл таптық, жаңалықтармен бөлістік.  Батырдың ескерткішін жасау жұмыстары үзілген диалогтың жалғасы болды.  Бірақ, оның даусы Кеңсай зиратының төбесінде қалған пішіндер арқылы көрінуі керек еді.  Бірақ дауыс емес шығар.  Бұл адалдығымен, еңбекқорлығымен, байсалдылығымен, биіктікпен өзгелерге үлгі болған шеберге қойылған сұрақтар болған шығар.  Биіктігі.  Оның тәжірибесі шексіз өсті, бірақ 52 жасында тоқтады.  Металл құбырлар спираль түрінде орналастырылған және ұзартылған - бұл үрмелі аспапқа және Батыр алғаш рет Алматыда әртіс ретінде сахнаға шыққан орган залына сілтеме. 

Адалдық.  Батырдың отбасы достарына туған жерінен тас жөнелтуді өтініп, құрметті ағамыз Далер Памирден көк құйма жіберді.  Қырғыз ағайын Әділден тас кесегі.  Грегтің ағылшын бақшасынан алынған тас.  Томми Калифорнияның бір бөлігін әкелді.  Мемориалды салушылар Қазақстаннан өз тастарын қалдыруды өтінді.  Жақын достарының фрагменттері қазір оның есімі жазылған тақтайшада сақталады.  Аты.  Фотосуреттің үстінде штрихпен «Батыр» деп жазылған.  Бұл лейкимия ауруына шалдыққан жігіттің кітабына қалдырған қолтаңбасы. Жас жігіт сауығып, сол сыйлығын сақтап қалды. Атын соңғы тасқа көшіру үшін оны көп жылдар өткен соң таптық.  Мемориалдағы жұмыс Батырдың кеткеніне көнуге көмектеседі деп ойлап едім.  Шеберге арналған соңғы сөз тас пен металлда айтылып, Кеңсайдың үнсіздігінде естіледі деген үміттемін.  Бірақ соңғы сөз табылмайды.  Әңгіме асқан дүниені шын ықыласпен қабылдап, ісіне деген сүйіспеншілігімен шабыттанып, таңдандырғандардың түрі мен үнін іздеу жолы тоқтамағанша жалғасады».